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Notiziario Marketpress di
Mercoledì 28 Giugno 2000 |
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DIETROLOGIA: LA MAPPATURA DEL GENOMA UMANO HA ALLA BASE LA TECNOLOGIA AVANZATA DI COMPAQ FATTA DA MILLE MILIARDI DI OPERAZIONE AL SECONDO
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Milano, 28 giugno 2000 - L´annuncio dei ricercatori di Celera Genomics, Sanger Centre, Whitehead Institute e del National Institutes of Health (Nih), relativo alla loro collaborazione per il completamento della mappa del genoma umano, è una conquista scientifica colossale, resa possibile anche grazie alla tecnologia informatica ad alte prestazioni fornita da Compaq Computer. I centri di ricerca Celera Genomics, Sanger Centre e Whitehead Institute hanno infatti utilizzato i supercomputer Alphaserver di Compaq, dotati del sistema operativo Tru64 Unix e del software Trucluster. J. Craig Venter, Ceo di Celera, ha dichiarato al quotidiano Usa Today: "E´ la prima volta nella storia che il codice genetico umano è stato ricodificato in modo lineare". Celera ha dovuto mettere in sequenza 3, 2 miliardi di coppie di basi nell´ ordine corretto, una delle maggiori sfide di calcolo mai realizzate. Durante il processo di ricodifica, Celera ha utilizzato più di 600 processori Alpha di Compaq, con una capacità di elaborazione di circa 1. 000 miliardi di operazioni al secondo. I calcoli finali di ricodifica sono stati eseguiti sul nuovo Alphaserver Gs160 di Compaq poiché gli algoritmi e i dati richiedevano 64 Gigabyte di memoria condivisa. Sin dall´inizio del progetto genoma umano, nei primi anni ´90, Compaq fornisce strumenti con la potenza di calcolo indispensabile a gestire lo straordinario quantitativo di dati necessari a decifrare i 3, 2 miliardi di "coppie di basi" che costituiscono il genoma (tutti i geni e il relativo Dna). Fondato da Wellcome Trust e dal British Medical Research Council, il Sanger Centre, con sede nel Regno Unito, necessitava di una infrastruttura informatica in grado di rispondere alla sfida di mappatura e ordinamento in sequenza del genoma umano. Secondo Phil Butcher, responsabile del settore informatico di Sanger, la scelta è stata fatta sulla base di tre fattori di progettazione: scalabilità, adattabilità, e resilienza. La configurazione iniziale di Sanger era costituita da 160 workstation Alpha di Compaq, da quattro sistemi Compaq Alphaserver 1200 e da un cluster di Pc (serie di computer collegati tra loro che permettono un´elaborazione simultanea) con il tool di ricerca Blast (basic local alignment search tool, necessari a consentire l´ accesso al pubblico e la ricerca sui dati del genoma via Internet. Il Centro ha continuato a potenziare la propria infrastruttura informatica, acquistando circa 250 Alphaserver Compaq e workstation con sistema operativo Tru64 Unix. Sanger utilizza inoltre un sistema Compaq Storageworks Raid con 4 Terabyte di spazio disco, un sottosistema Raid di Network Appliances da 300 Gbyte e 48 Pc Compaq Deskpro. Dal 1990 Compaq è all´avanguardia nello sviluppo e nella fornitura di architetture informatiche ad alte prestazioni atte a soddisfare i requisiti di società farmaceutiche, biotecnologiche e del settore medico. "Oggi è decisamente difficile separare i progressi avvenuti in campo biotecnologico da quelli verificatisi nell´high performance computing", ha dichiarato Ben Rosen, Presidente del Consiglio di Amministrazione di Compaq, durante il suo intervento principale a Bio ´99. "Infatti, alcuni scienziati di fama mondiale ritengono che l´high-end computing sia il futuro della biologia e della medicina. Ci vorranno computer e applicativi software incredibilmente potenti per raccogliere, memorizzare, analizzare, modellare e distribuire le informazioni". Nel 1998, Compaq è stata scelta da Celera Genomics quale partner informatico. Compaq ha progettato e attrezzato il centro dati di Celera, installando e collegando quasi 700 Cpu e 70 Tbyte di storage. Nel 1999, Compaq ha realizzato il centro di Competenze Bioinformatiche a Marlboro, Massachusetts, per meglio supportare clienti e business partner del settore. Anche il Laboratorio di ricerca di Compaq di Cambridge, sempre in Massachusetts, ha iniziato a indirizzare la ricerca verso la bioinformatica, contribuendo all´ottimizzazione delle performance delle applicazioni e allo sviluppo degli algoritmi di data mining per i dati genetici. Nel 1999, il Whitehead Institute for Genomics Research del Mit ha scelto Compaq quale fornitore dell´infrastruttura informatica per la sua ricerca nell´ambito del genoma umano. Il Whitehead Institute gestisce il maggiore centro pubblico per l´ordinamento sequenziale dei geni degli Stati Uniti, ed è uno dei quattro centri chiave fondati dal Nih per completare la bozza del genoma umano annunciata oggi. Inoltre, l´Istituto si affida ai sistemi Compaq Alphaserver Es40 e ai Compaq Storageworks per la gestione e l´analisi dei propri dati relativi ai genomi. Il contributo più recente di Compaq al Progetto Genoma Umano è un cluster di Alphaserver Es40 con 100 Cpu e 1 Terabyte di spazio disco, situato presso i laboratori Compaq Enterprise System Lab di Littleton, Massachusetts che è stato messo a disposizione delle istituzioni per la ricerca, al fine di consentire il completamento dell´annotazione del genoma umano. Http://www. Compaq. Com http://www. Compaq. It . |
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